In unmittelbarer Nähe zum Naturschutzzentrum Schopflocher Alb liegen drei Naturschutzgebiete: das Schopflocher Moor, das Randecker Maar und die Oberlenninger Schluchtenwälder.

Seit 1997 bzw. seit 2000 betreut das Naturschutzzentrum diese drei Naturschutzgebiete mit einer Gesamtfläche von fast 800 Hektar. Diese Betreuung umfasst neben der Erhaltung insbesondere auch das Umsetzen von Maßnahmen der Landschaftspflege, den Biotop- und Artenschutz sowie die Besucherlenkung.